Eskişehir Osmangazi Üniversitesi İlahiyat Fakültesi 1995/7515 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuş ve 19.07.1996 tarihinde de kurucu dekan ataması yapılmıştır. YÖK Başkanlığının 27.01.1998 tarih ve 212 sayılı kararıyla da Temel İslam Bilimleri, Felsefe ve Din Bilimleri, İslam Tarihi ve Sanatları Bölümlerinin açılmasına izin vermesiyle hizmete başlayan bir kurumdur. Kurucu dekan Prof. Dr. Mehmet MAKSUTOĞLU görevini 2006 yılına kadar devam ettirmiştir. Onun ardından dekan olarak atanan Prof. Dr. Ali ÇELİK ise 2006-2012 yılları arasında görev yapmıştır. 2012 yılında dekanlık görevini üstlenen Prof. Dr. Hüseyin AYDIN 10.01.2018 tarihine kadar, onun ardından atanan Prof. Dr. Mustafa YILDIRIM ise yaş haddinden emekli olduğu 2023 yılı Aralık ayının sonuna kadar dekanlık görevinde bulunmuşlardır. 11 Mart 2024 tarihinde de dekanlık görevini Prof. Dr. Adnan ADIGÜZEL üstlenmiştir.
ESOGÜ İlahiyat Fakültesi 2008-2009 eğitim-öğretim yılından itibaren lisans düzeyinde öğrenci almaya başlanmıştır. Fakültemiz, 2008-2009 eğitim-öğretim yılında 41 öğrencisiyle Çamlık 2 Yerleşkesinde lisans eğitimine başlamıştır. On beş yılın ardından fakültemiz 2024-2025 eğitim-öğretim yılında 1300 öğrencisiyle Meşelik Kampüsünde eğitim ve öğretime devam etmektedir.
Eğitim Fakülteleri bünyesindeki İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Eğitimi Bölümünün 2012 yılında İlahiyat Fakültesine devredilmesiyle "İlahiyat" ve "İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Öğretmenliği" olmak üzere iki ana bölümde öğretimin yapıldığı İlahiyat lisans eğitimi, 2014 yılında itibaren İDKAB bölümüne öğrenci alınmamasıyla sadece “İlahiyat” bölümü olarak eğitime devam etmektedir. İlahiyat Fakültesi, 2009-2010 eğitim-öğretim yılından 2024-2025 eğitim-öğretim yılına kadar birinci ve ikinci öğretim şeklinde ikili eğitim vermiştir. 2024-2025 eğitim-öğretim yılından itibaren ikinci öğretimlere öğrenci alınmamaktadır.
Fakültemizde 2009-2010 eğitim-öğretim yılı itibarıyla Temel İslam Bilimleri Bölümü’nde yüksek lisans, 2013-2014 Bahar yılından itibaren ise Doktora programları açılmıştır. 2010-2011 eğitim-öğretim yılından itibaren ise Felsefe ve Din Bilimleri ile İslam Tarihi ve Sanatları Bölümlerinde de Yüksek Lisans ve doktora programı açılmış, ancak 2024 yılı itibariyle İslam Tarihi ve Sanatları Bölümünün doktora programı pasif konumdadır. ESOGÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü’ne bağlı olarak fakültemizde 2024 yılı itibariyle 300 civarında yüksek lisans ve doktora öğrencisi lisansüstü eğitim almaktadır.
Lisans bölümüne her yıl ortalama 280 öğrencinin kabul edildiği fakültemizde 2024-2025 eğitim-öğretim yılından itibaren sadece birinci öğretime olmak üzere yaklaşık 140 öğrenci alınmıştır. Fakültemizde lisans, yüksek lisans ve doktora olmak üzere toplamda 1600 civarında öğrencimiz eğitim görmektedir. Fakültemizi kazanan öğrenciler bir yıl Arapça hazırlık eğitimi almakta, ardından da dört yıl lisans eğitimi görmektedir. Her geçen yıl daha fazla güçlenen fakültemiz akademik kadrosu, 2024 yılı itibariyle yaklaşık 60 akademisyen ile eğitim vermektedir.